Helsingin NMKY:n päätoimipiste on Kaisaniemessä yhdistyksen omistaman Hotel Arthurin tiloissa, sekä Kaisaniemenkatu 8:ssa. Vuorikadun ja Kaisaniemenkadun toimipisteissä on Helsingin NMKY:n toimiston lisäksi monenlaista toimintaa kerho- ja musiikkitoiminnasta liikuntaan.
Kaisaniemen lisäksi Helsingin NMKY toimii ympäri Helsinkiä sekä omissa toimipisteissään sekä yli neljässäkymmenen koulun salissa. Omia toimipisteitä pystyy vuokraamaan myös omaan käyttöön silloin kun niissä ei ole yhdistyksen toimintaa.
